Transcriptome

La plateforme Transcriptome de l'IMM est une structure qui propose un ensemble de prestations autour à la génomique et de la transcriptomique pour la microbiologie. Depuis sa création cette plateforme n’a cessé d’accroître son expertise en génomique, de développer et d'adapter des protocoles afin de pouvoir proposer un ensemble de services pour un large panel de microorganismes. Cette plateforme et les services qu’elle propose sont ouverts à tous les laboratoires aussi bien du domaine public que du secteur privé.
Direction Scientifique : Dr Christophe Bordi.

Équipe Transcriptome

Yann DENIS
Responsable technique

Les domaines d’expertise de la plateforme
Transcriptome

Préparation d’acides nucléiques (ADN, ARN)

PCR quantitative

PCR digitale

NGS

Les domaines d’expertise de la plateforme
Résonance Magnétique Nucléaire

Préparation d’acides nucléiques (ADN, ARN)

PCR quantitative

PCR digitale

NGS

Les offres de prestation de la plateforme
Transcriptome

R&D

  • Mise au point et optimisation de la préparation d’acides nucléiques (ADN/ARN)
  • Mise au point et optimisation de fabrication de banques NGS (RNAseq, DNAseq, ChIPseq...)
  • Etude d’expression relative de gènes
  • Etude quantitative de consortium microbien
  • Suivi quantitatif d’interaction hôte/pathogène
  • Etude du nombre de copie d’un gène

Prestations de service

  • Préparation d’acides nucléiques (ADN/ARN)
  • PCR quantitative
  • PCR digitale
  • Contrôle qualité et quantité d’acide nucléique (ADN et ARN)
  • Réalisation de banques en vue de séquençage NGS
  • Séquençage NGS

Conseil et formations

  • Accueil et formation BTS à PhD
  • Accueil et formation d’ingénieur
  • Aide à la conception, accompagnements et conseils tout aux long des projets
  • Conception et développement de formations et de TP
  • Formation à l’utilisation des équipements jusqu’à l’autonomie complète

La plateforme Transcriptome en vidéo

équipements de pointe en sciences de la vie :

Publications à la une

2024

Cyclophostin and Cyclipostins analogues counteract macrolide-induced resistance mediated by erm(41) in Mycobacterium abscessus.

Sarrazin M, Poncin I, Fourquet P, Audebert S, Camoin L, Denis Y, Santucci P, Spilling CD, Kremer L, Moigne VL, Herrmann JL, Cavalier JF, Canaan S. J Biomed Sci. 2024 Dec 3;31(1):103. doi: 10.1186/s12929-024-01091-w. PMID: 39623375

2023

Fenouil R, Pradel N, Belahbib H, Roumagnac M, Bartoli M, Ben Hania W, Denis Y, Garel M, Tamburini C, Ollivier B, Summers Z, Armougom F, Dolla A.

Labels, certifications & réseaux connexes

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