Institut de Microbiologie de la Méditerranée

L'Institut de Microbiologie de la Méditerranée, est une Fédération de Recherche (FR3479, CNRS & Aix-Marseille Université) depuis le 1^er janvier 2012.

Notre institut s’inscrit dans le prolongement de l’Institut Fédératif de Recherche (IFR1 puis IFR88, 1995-2011), lui-même initié par un Groupement de Recherche (GDR) mis en place en 1992, sous l’impulsion du Programme national interdisciplinaire IMABIO (Ingénierie des Macromolécules Biologiques) sur le site du Groupement des Laboratoires de Marseille du CNRS.

La Fédération de Recherche CNRS – Aix Marseille Université est dirigée par la Directrice de recherche Marie-Thérèse Giudici-Orticoni, assistée de Mme Julia Fargeot (Directrice adjointe administrative). Elle est actuellement composée de 4 unités :

Le Laboratoire « Ingénierie des Systèmes Macromoléculaires » (LISM) (UMR7255), UMR dirigé par le Professeur Eric Cascales,

Le Laboratoire « Information Génomique et Structurale » (IGS) (UMR 7256) dirigé par le Dr. Chantal Abergel,

Le Laboratoire « Bioénergétique et Ingénierie des Protéines » (BIP) (UMR 7281), dirigé par le Dr. Barbara Schoepp-Cothenet,

Le laboratoire « Chimie Bactérienne » (LCB) (UMR7283), dirigé par le Dr. Tâm Mignot.

L’institut regroupe environ 300 personnes dont 180 statutaires (Chercheurs CNRS, enseignants-chercheurs AMU, et ITA), répartis dans les 4 laboratoires au sein d’une quarantaine d’équipes, et de 14 plates-formes techniques ou services communs. Quarante professeurs et maîtres de conférences effectuent leur recherche dans l’Institut, dont la plupart des responsables des enseignements de Microbiologie, de Génomique, de Bioinformatique, et de Biologie Structurale délivrés par la nouvelle Université unique Aix-Marseille Université, cotutelle de la FR et des laboratoires qui la constituent.

Le dynamisme de cette structure se manifeste à travers l’activité de 50 doctorants, 40 étudiants en Master et d’un nombre comparable de chercheurs post-doctorants et de visiteurs étrangers.

Notre rassemblement au sein d’une Fédération de Recherche offre la meilleure opportunité de poursuivre collectivement le développement d'un pôle de recherche multidisciplinaire à forte visibilité nationale et internationale, où les multiples aspects de la Microbiologie fondamentale moderne sont représentés, du niveau moléculaire (biochimie, enzymologie, structure, biophysique) au niveau systémique (métabolisme, interaction hôte-pathogène, communauté bactérienne, biodiversité environnementale, etc.). Nos équipes travaillent en synergie avec les laboratoires situés sur les pôles de recherche de Luminy, Timone, Nord, Cadarache, la Cancéropôle, l’Infectiopôle, et en partenariat avec les structures de valorisations locales, pôles de compétitivité (Capernergies, Pole Mer, Eurobiomed) et l’Instituts Carnot LISA. Nos laboratoires sont aussi impliqués dans des programmes de recherche collaboratifs avec le monde industriel.

Nos recherches cognitives en Microbiologie fondamentale sont déclinées à plusieurs niveaux :

• Moléculaire avec les aspects structuraux (IGS, BIP)
• Mécanistique, interactions moléculaires, systémique (BIP, IGS, LISM, LCB)
• Biochimique (LCB, BIP, LISM, IGS)
• Génétique et génomique (IGS, LISM, LCB)
• La relation hôte-pathogène (LISM, LCB, IGS)
• Biodiversité et évolution (IGS, LCB, BIP)

Les applications potentielles de ces recherches concernent aussi bien la santé humaine (LISM, LCB) que l’analyse et la préservation de l’environnement (BIP, IGS, LCB).

À côté des microorganismes modèles 'traditionnels' (E. coli, B. subtilis, S. cerevisae), de nombreux autres systèmes expérimentaux sont étudiés, dont des pathogènes majeurs (Mycobacterium, Legionella, Acinetobacter, Burkholderia, Campylobacter, Enterobacter, Klebsiella, Brucella, etc.), des pathogènes opportunistes (Pseudomonas, amibes), et des bactéries extrémophiles (Aquifex, Acidithiobacillus, Deinococcus, etc.). Nous sommes également en pointe dans l’étude des virus géants (Mégavirus, Mimivirus, Chlorovirus). Notre association en Fédération de Recherche favorise le regroupement d’une masse critique de compétences scientifiques et techniques (biophysique, génomique, bioinformatique, biologie moléculaire, biochimie, culture cellulaire, expression et purification de protéines, biologie structurale, etc.) dont chaque laboratoire peut tirer profit pour son propre domaine de recherche, comme au sein de projets collaboratifs transversaux et interdisciplinaires.

Notre association en Fédération de recherche a grandement favorisé la mise en place de nombreux plateaux techniques dont certains ont dépassé leur vocation initiale pour devenir des plates-formes régionales « IBiSA » (Bioinformatique, Protéomique), ou « CPER » (Biomasse et Biohydrogène, RPE). Une vingtaine d’ingénieurs et techniciens sont dédiés à ces plateaux techniques comme à d’autres services communs : RMN, Imagerie photonique et électronique, Génomique, Production de protéines, Biosenseurs, Informatique et Réseau, Documentation, Mécanique et électronique, et Logistique. L'évolution de ces plateaux techniques s'inscrit dans une vision de plus en plus intégrative de la microbiologie fondamentale associant les approches « omiques » (génome, transcriptome, protéome, interactome) avec les aspects structuraux (étude sur molécule unique, RMN, radiocristallographie) et ultrastructuraux (microscopie électronique, microscopie à fluorescence, vidéo-microscopie). Plusieurs laboratoires L2 sont également dédiés à l’étude de microorganismes d'intérêt clinique, ou de nouveaux isolats environnementaux. Trois plateaux techniques sont actuellement développés en priorité : une plate-forme de biophotonique appliquée à la Microbiologie, une plate-forme de séquençage à haut débit, et une plate-forme de fabrication mécanique avec centre d’usinage numérique.

Par le passé, la mutualisation de nos ressources au sein d’un institut fédératif a grandement facilité l’installation de nouvelles équipes, accéléré leur croissance, ou favorisé leur flexibilité par l'échange de personnels entre les laboratoires constituants. Les redéploiements internes ont constitué une source de dynamisme et de créativité. Au cours de son nouveau mandat, la Fédération de Recherche a maintenant la responsabilité de la réhabilitation de 4 000 m² de locaux nouvellement libérés, et l’opportunité unique de pouvoir accueillir de nouvelles équipes porteuses de projets ambitieux et originaux autour de la Microbiologie fondamentale, susceptibles de renforcer ou d’enrichir nos thématiques.

Si le regroupement des 4 unités « historiques » constituant l'Institut de Microbiologie de la Méditerranée a largement contribué à faire de Marseille un des pôles de recherche nationale en Microbiologie, reconnu par le plan stratégique de l’Institut des Sciences Biologiques du CNRS, il nous faut désormais nous projeter vers l’avenir, dans un contexte de recherche national et international de plus en plus compétitif. Nous formons l’espoir que nos efforts seront bientôt récompensés par le succès de plusieurs projets déposés par Aix-Marseille Université au titre des « Investissements d’avenir » (IDEX, LABEX) auxquels nos laboratoires sont largement associés.